纪实类中篇网络小说，2005年前后的，主角是红客联盟？

根据你的描述，这个中篇小说可能是《黑客军团》（The Hacker's Alliance）by 云天空。这是一篇讲述黑客文化、网络安全等话题的小说，讲述了一个名叫阿飞的黑客参加中美黑客大战的故事。阿飞的表哥是俄罗斯黑客，他们一起参加了一次黑客聚会，还有一个舍友叫做节瓜。故事中也提到了基因工程的技术，阿飞的女友因病濒死，通过基因工程治愈了病痛。